La organización de INTEGRA CEE está compuesta por los siguientes departamentos:
Departamento de Recursos Humanos
Departmento Financiero
Prevención de Riesgos laborales
Departamento de calidad y contratación
Departamento de compras
Departamento social
Departamento comercial e imagen
Departamento informático
A esta organización, se suman las diferentes Integra Delegaciones y filiales.
