La organización de INTEGRA CEE está compuesta por los siguientes departamentos:
Departamento de Recursos Humanos
Departmento Financiero
Prevención de Riesgos laborales
Departamento de calidad
Departamento de acción social
Departamento comercial
Departamento compras
Departamento informático
A esta organización, se suman las diferentes Integra Delegaciones y filiales.
